24 сентября группа из 12-и штурмовиков под командой гвардии капитана Пошевальникова вылетела на штурмовку вражеской переправы через Днепр в районе Кременчуга. Щапов летел ведомым командира. При заходе группы на цель он заметил, крупнокалиберную зенитную батарею из четырёх орудий, ведущую огонь по "илам". Проявляя разумную инициативу, сметку и мужество, Щапов первым стремительной атакой заставил её замолчать. Но и самолёт Щапова получил три попадания, а сам пилот осколками снарядов был ранен в лицо. Несмотря на повреждение самолёта и ранение, лётчик не вышел из боя, он продолжал выполнять задание, защищая от напавших истребителей своего ведущего. Его смелый манёвр позволил группе накрыть цель и без потерь вернуться домой.

Штурмовик с бортовым номером "10" хорошо знали наземные части, особенно воины 5-й гвардейской армии, наступление которых часто приходилось поддерживать авиаторам. Делая в день по 2-3 боевых вылета, выбирая самые важные цели, мешающие нашей пехоте, лётчик дерзко на глазах пехотинцев снижался до бреющего и в упор расстреливал врага. Его меткие бомбоштурмовые удары позволяли пехоте продвигаться вперёд с наименьшими потерями. К декабрю 1943 года грудь отважного пилота украсили ещё два ордена - Славы 3-й степени и Красного Знамени.

(Групповой портрет ведущих летчиков 144-го гвардейского штурмового авиаполка. Слева на право: Виктор Дмитриевич Чернышов, Талгат Якубекович Бегельдинов, Борис Дмитриевич Щапов, Александр Иванович Гридинский, Степан Демьянович Пошивальников, командир полка Павел Михайлович Шишкин, Михаил Иудович Степанов, Михаил Ильич Мочалов)

В январе 1944 года не считаясь со сложными метеоусловиями, Щапов вместе со своими товарищами в любых погодных условиях, поднимался в воздух и выполнял самые ответственные задания. При сильном противодействии зенитной артиллерии "ил" Щапова производил по 4-5 заходов и прицельно уничтожал действующие полевые орудия, технику и живую силу противника. Только под Кировоградом за 18 боевых вылетов Борис Щапов лично уничтожил 7 танков, 5 орудий, 17 автомашин, 3 склада с боеприпасами, 6 автоцистерн с горючим и подавил огонь трех зенитных батарей. В семи воздушных боях с истребителями противника лётчик сбил один Ме-109 и один FW-190. Ещё один "мессер" им был сбит в воздушном бою в районе Знаменки.

30 мая 1944 года девятка Ил-2 которую вел командир эскадрильи гвардии капитан Пошевальников, вылетела для нанесения штурмового удара по танковой колонне врага севернее города Яссы. Правым звеном командовал Борис Щапов. Штурмовики появились у цели внезапно. Зенитчики, выпустив четыре снаряда, были подавлены огнем "илов". Но один из снарядов попал в самолет Щапова. Падая в заросшую тростником речку, Ил-2 взорвался в воздухе. Вместе с командиром погиб воздушный стрелок Николай Дружинин.

Похоронен в поселке Котул Иван, жудец Яссы, Румыния.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 19 августа 1944 года за образцовое выполнение заданий командования и проявленные мужество и героизм в боях с немецко-фашистскими захватчиками гвардии младшему лейтенанту Щапову Борису Дмитриевичу присвоено звание Героя Советского Союза.

Награждён орденом Ленина, двумя орденами Красного Знамени, орденами Отечественной войны 2-й степени, Славы 3-й степени.

Именем Героя названы улицы в городах Нерехта и Ярославль. На здании школы, аэроклуба и доме, в котором он жил, установлены мемориальные доски.